Im Jahr 1984 entschloss sich der Aktivenrat, seine ablehnende Haltung gegenüber der Einstellung von Sozialpädagog_ innen aufzugeben, da nur noch eine Handvoll Aktive übrig waren, die den Betrieb des Hauses auf ehrenamtlicher Basis nicht mehr aufrecht erhalten konnten. Zudem drohte dem Verein aufgrund der über die vergangenen Jahre angesammelten Schulden die Liquidation. Dies bedeutete eine Einschränkung der Selbstverwaltung in finanziellen Angelegenheiten und in rechtlicher Hinsicht.
Im Juli 1985 wurden drei Hauptamtliche fest eingestellt, zwei Sozialpädagogen und ein Schreiner.
Sie kamen aus dem Umfeld des Hauses und fühlten sich dem Selbstverwaltungsgedanken verpflichtet, waren aber von der Stadt angestellt und bezahlt und unterlagen somit der Dienstaufsichtspflicht. Die strukturelle Veränderung bewirkte eine Konsolidierung des Hauses. Es gab wieder Kontinuität im offenen Betrieb und im Programm, die seit 1976 geschlossene Kellerdisco wurde renoviert und 1986 wiederer- öffnet, der Saal erlebte im Sommer 1986 eine „phönizische Auferstehung aus dem Siff der Geschichte“. Im Jahr 1987 waren die Schulden des Vereins getilgt und das Haus schrieb wieder schwarze Zahlen. Außerdem wurde eine vierte hautamtliche Stelle geschaffen, die insbesondere für Mädchenarbeit zuständig war. Neben den hauptamtlichen Stellen wurden auch fünf vom Land Baden-Württemberg bezahlte Freiwillige Gemeinschaftsarbeits-Stellen (FGA) eingerichtet, die als berufsvorbereitende- und qualifizierende Maßnahme für arbeitslose Jugendliche gedacht waren. Im Epplehaus wurden die FGAs in unterschiedlichen Bereichen eingesetzt (Kulturarbeit, Theke, Küche, Werkstatt) und sorgten zusätzlich für personelle Kontinuität.
Der Aktivenrat, das wichtigste Selbstverwaltungsgremium, tagte weiterhin wöchentlich, wurde aber zunehmend von den Hauptamtlichen, den FGAs und den später hinzugekommenen Zivildienstleistenden dominiert. Nur wenige der vielen Besucher_innen hatten Interesse an der Selbstverwaltung oder der Mitarbeit im Aktivenrat, die meisten waren eher auf Spaß und Konsum aus.
Die Hauptamtlichen beklagten Anfang 1989, dass die Selbstverwaltung zur leeren Hülse geworden sei und fragten sich, ob die Strukturen im Haus für Selbstorganisation und Selbstbestimmung lähmend wirken.
In einer teilweise heftig geführten Debatte standen sich „autonome Stalinisten“ und „rot-grüne Flitzkacke“ (so die gegenseitigen Titulierungen) gegenüber. Die einen forderten wieder mehr gemeinsame politische Arbeit, die anderen wollten den ‚Leichnam’ Selbstverwaltung auf pädagogischem Weg wieder beleben. Mitte der 1990er Jahre war die Selbstverwaltungsdebatte wieder in den Hintergrund getreten. Das Haus hatte mittlerweile sechs hauptamtliche Mitarbeiter_innen (vier Sozialpädagog_innen und zwei Schreiner_innen). In der 1995 veröffentlichten Konzeption des Hauses standen die offene Jugendarbeit im Saal, die Jugendkulturarbeit im Konzertund Discobereich, die Mädchen- und Frauenarbeit und die Drogenarbeit im Mittelpunkt. Im Jahr 2002 stellte die die Landesregierung die Förderung für die FGA-Stellen ein, was den Auftakt zu weiteren Kürzungen bedeutete. Im Jahr 2004 war der finanzielle Tiefpunkt erreicht: die Stadt kürzte die hauptamtlichen Stellen im Haus fast um die Hälfte, die verbliebenen wurden dem im ehemaligen Frauencafé neu eingerichteten Jugendmediencafé und dem Jugendkulturbüro übertragen.